宝宝长期服用益生菌可能干扰肠道菌群自然平衡，建议在医生指导下短期使用。益生菌适用于肠道菌群失调、抗生素相关性腹泻等特定情况，健康婴幼儿无须常规补充。
长期补充外源性益生菌可能抑制婴幼儿自身菌群定植，家长需在医生评估后使用，常见制剂有双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌活菌散。
过早干预肠道微生态可能影响免疫系统成熟，家长需观察宝宝有无皮疹或消化异常，临床常用布拉氏酵母菌散、鼠李糖乳杆菌冻干粉等短期调节。
部分益生菌制剂含乳糖等辅料，可能加重乳糖不耐受宝宝症状，家长需选择无添加剂的医用级产品如地衣芽孢杆菌胶囊、凝结芽孢杆菌活菌片。
某些益生菌株可能携带耐药基因，家长应避免自行购买非正规渠道产品，治疗用益生菌需选择嗜酸乳杆菌、婴儿双歧杆菌等临床验证菌株。
母乳喂养可自然建立健康菌群，添加辅食后通过酸奶、发酵食品等补充益生菌更为安全，出现持续腹泻或过敏症状应及时就医评估。
