经颅磁刺激仪对部分神经系统疾病有一定疗效，主要适用于抑郁症、偏头痛、帕金森病、脑卒中后康复等疾病。
经颅磁刺激仪可通过调节大脑神经递质改善抑郁症状，临床常用高频刺激左侧前额叶背外侧区，配合药物舍曲林、氟西汀、文拉法辛等治疗。
针对难治性偏头痛，经颅磁刺激可抑制皮层扩散性抑制，减少发作频率，常与止痛药布洛芬、佐米曲普坦、托吡酯联合使用。
低频经颅磁刺激辅助改善运动迟缓症状，需与多巴胺替代药物左旋多巴、普拉克索、恩他卡朋等协同治疗。
磁刺激可促进神经重塑，用于改善运动功能障碍，需在发病后3-6个月黄金期配合康复训练进行。
使用前需经专业医生评估适应症，治疗期间定期监测脑电图变化，避免在癫痫病史患者中使用。
