婴儿益生菌一般可以直接服用或加入温水中冲服，具体服用方式需遵医嘱。
婴儿益生菌可以直接倒入口中服用，适合能够吞咽的婴儿。也可以将益生菌粉末加入适量温水中搅拌均匀后喂服，水温不宜过高以免破坏益生菌活性。对于母乳喂养的婴儿，可以将益生菌粉末涂抹在母亲乳头上让婴儿吸吮。配方奶喂养的婴儿则可将益生菌加入调好的奶粉中，注意奶粉温度应低于40度。部分益生菌制剂需要冷藏保存，服用前应查看说明书。
婴儿服用益生菌时应注意观察是否有不良反应，如腹胀、腹泻等症状应及时停用。益生菌不能与抗生素同时服用，需间隔2小时以上。开封后的益生菌应尽快服用完毕，避免受潮失效。日常应注意保持婴儿饮食均衡，适当补充含益生菌的食物如酸奶等。如出现持续消化不良等症状，建议及时就医检查。
