新生儿呼吸衰竭多数可以治愈，预后与病因、治疗时机及并发症有关，主要影响因素有早产儿肺发育不全、新生儿肺炎、先天性心脏病、产时窒息等。
早产儿肺泡表面活性物质不足导致呼吸窘迫综合征，需使用肺表面活性物质替代治疗，配合持续气道正压通气支持，常用药物包括猪肺磷脂注射液、牛肺表面活性剂等。
细菌或病毒感染引起的肺部炎症可能导致呼吸衰竭，需根据病原体选择抗生素或抗病毒药物，如注射用青霉素钠、阿昔洛韦注射液，同时进行氧疗和气道管理。
心脏结构异常导致氧合障碍时需手术矫正，术前可使用前列腺素E1维持动脉导管开放，常见术式包括动脉导管结扎术、室间隔缺损修补术等。
围产期缺氧缺血性脑损伤引发的呼吸衰竭需亚低温治疗保护脑功能，配合机械通气和血管活性药物维持循环，如多巴胺注射液、肾上腺素注射液。
存活新生儿需定期随访肺功能和神经系统发育，母乳喂养有助于提升免疫力，避免呼吸道感染诱发再次呼吸衰竭。
