新生儿甲状腺功能低下通过规范治疗多数可以控制良好，治疗方法包括左甲状腺素替代治疗、定期监测甲状腺功能、调整药物剂量、预防并发症。
左甲状腺素钠是首选药物，需根据体重计算剂量，定期复查促甲状腺激素和游离甲状腺素水平调整用药，避免剂量不足影响智力发育或过量导致甲亢。
治疗初期需每2-4周检测甲状腺功能，稳定后每3-6个月复查，青春期及妊娠期需加强监测频率，确保激素水平维持在正常范围。
药物剂量需随生长发育动态调整，婴儿期每年需调整3-4次，儿童期每年调整2次，青春期生长加速期需增加20％-30％剂量。
重点预防智力障碍和生长发育迟缓，治疗延迟可能导致不可逆损害，需通过新生儿筛查早发现早治疗，同时监测骨龄和神经系统发育。
家长需严格遵医嘱给药，避免漏服或自行调整剂量，定期带孩子复查甲状腺功能稳定后可正常生长发育，多数患儿预后良好。
