牙髓失活术过程中通常会有轻微疼痛，但现代麻醉技术可有效控制不适感。疼痛感受主要与牙髓炎症程度、个体痛阈差异、麻醉效果及操作技术有关。
急性牙髓炎时牙髓腔内压力增高，麻醉药物渗透受阻可能导致术中敏感。建议急性期先开放减压，48小时后再行失活治疗。
对疼痛敏感者可采用预麻醉方案，如表面麻醉凝胶联合局部浸润麻醉。焦虑患者可配合笑气镇静。
下颌磨牙麻醉失败率较高，可采用骨内注射技术。麻醉药品可选阿替卡因或甲哌卡因，配合血管收缩剂延长时效。
高速手机揭髓顶时可能产生振动痛，建议使用锋利车针间断磨除。现代镍钛器械能减少根管预备时的超出痛。
术后24小时内可能出现咬合不适，避免患侧咀嚼，若出现持续剧痛需复查排除残髓炎。定期口腔检查可早期发现龋齿避免发展到牙髓治疗阶段。
