肾囊肿多数属于良性病变且无需特殊治疗，是否需要干预主要取决于囊肿大小、是否引发症状及有无并发症，处理方式主要有定期观察、穿刺抽液、硬化治疗、腹腔镜手术。
直径小于4厘米的无症状单纯性肾囊肿通常只需每6-12个月复查超声，监测囊肿变化即可。
较大囊肿引发腰痛或压迫症状时，可在超声引导下穿刺抽吸囊液，但单纯抽液复发率较高。
穿刺后向囊腔内注射无水乙醇等硬化剂，可使囊壁粘连闭合，适用于复发性囊肿或不宜手术者。
对直径超过5厘米的复杂囊肿或合并感染、出血者，可行腹腔镜去顶减压术，创伤小且恢复快。
日常应避免剧烈运动撞击腰部，控制高血压等基础疾病，每年通过尿常规和肾功能检查评估肾脏状态。
