肛瘘多数情况下可以通过规范治疗获得较好效果，治疗方法主要有药物治疗、切开引流术、挂线疗法、瘘管切除术等。
早期单纯性肛瘘可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑等抗生素控制感染，配合高锰酸钾溶液坐浴缓解症状。
适用于低位单纯性肛瘘，通过切开瘘管引流脓液，可能与肛腺感染、外伤等因素有关，常伴肛门肿痛、渗液等症状。
针对高位复杂性肛瘘，用橡皮筋缓慢切割瘘管，可能与克罗恩病、结核感染有关，表现为反复流脓、肛门潮湿。
适用于长期不愈的复杂肛瘘，完整切除瘘管组织，通常与糖尿病、免疫低下等基础疾病相关，术后需预防感染。
治疗期间保持肛门清洁干燥，避免久坐久站，多摄入富含膳食纤维的蔬菜水果促进排便通畅。
