肛瘘多数情况下需要手术治疗，保守治疗仅适用于部分早期或特殊类型病例。治疗方法主要有抗生素治疗、局部护理、中药坐浴、手术治疗。
急性感染期可短期使用头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星等药物控制炎症，但无法根治瘘管。
每日用高锰酸钾溶液坐浴，保持会阴清洁干燥，避免粪便污染创面，可缓解症状。
选用苦参、黄柏、蒲公英等清热解毒中药煎汤坐浴，有助于减轻局部红肿疼痛症状。
肛瘘根治需手术清除瘘管，常见术式包括瘘管切开术、挂线疗法，术后复发概率较低。
保守治疗期间应避免辛辣刺激饮食，保持排便通畅，若出现发热、剧烈疼痛需及时就医评估手术指征。
