肺曲霉菌感染的治愈概率与患者免疫状态、感染范围及治疗时机密切相关。早期局限性感染且免疫功能正常者预后较好，广泛播散性或合并基础疾病者治疗难度较大。
肺曲霉菌感染的治疗效果主要取决于感染类型和宿主因素。局限性肺曲霉菌球患者通过手术切除联合抗真菌药物治疗，通常可获得较好疗效。这类患者肺部病灶边界清晰，未侵袭血管或周围组织，术后配合伏立康唑、伊曲康唑等药物巩固治疗，复发概率较低。慢性空洞型肺曲霉病进展缓慢，需长期服用抗真菌药物控制病情，但完全清除病原体较困难，部分患者可能转为慢性带菌状态。
侵袭性肺曲霉病多见于免疫功能低下人群，如血液系统恶性肿瘤患者、器官移植术后使用免疫抑制剂者。这类感染常表现为多肺叶浸润甚至血行播散，即使使用两性霉素B脂质体、卡泊芬净等强效抗真菌药，病死率仍较高。合并粒细胞缺乏或糖皮质激素长期使用者，肺部病灶易发生坏死出血，临床可能出现咯血、呼吸衰竭等危重情况。早诊断早治疗可改善预后，但部分患者会遗留肺纤维化等后遗症。
肺曲霉菌感染患者应定期复查胸部CT和血清学标志物，避免接触霉变环境。糖尿病患者需严格控制血糖，长期使用免疫抑制剂者应监测真菌感染指标。出现不明原因咳嗽、咯血或发热时需及时进行支气管肺泡灌洗等病原学检查，确诊后遵医嘱足疗程用药，不可自行停药。
