脑炎病灶难以消除可通过抗感染治疗、免疫调节、神经保护和手术治疗等方式改善，通常由病原体残留、免疫异常、神经损伤或结构性病变等原因引起。
病毒或细菌未完全清除可能导致病灶持续存在，表现为发热或意识障碍。可遵医嘱使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物，或头孢曲松、美罗培南等抗生素。
自身免疫性脑炎需抑制异常免疫反应，可能出现癫痫发作或精神行为异常。可选用甲泼尼龙冲击治疗、静脉注射免疫球蛋白或利妥昔单抗等生物制剂。
脑组织损伤后修复障碍会延长病灶存在时间，常伴认知功能下降。可配合使用胞磷胆碱、奥拉西坦等神经营养药物，结合高压氧治疗促进恢复。
局部脑脓肿或肉芽肿等结构性病变需手术清除，可能伴随颅内压增高症状。根据情况选择立体定向穿刺引流或开颅病灶切除术等术式。
治疗期间需定期复查影像学评估病灶变化，保持充足营养摄入，避免剧烈运动加重脑水肿，出现新发神经症状应及时复诊。
