遗传代谢病危险程度差异较大，轻度患者可能终身无症状，严重者可导致智力障碍、器官衰竭甚至死亡。危险程度主要与疾病类型、代谢缺陷程度、诊断干预时机有关。
苯丙酮尿症等氨基酸代谢病通过饮食控制可正常生活，而尿素循环障碍急性发作可能致命。
酶活性完全缺失比部分缺失危害更大，如戈谢病Ⅰ型比Ⅱ型预后更差。
新生儿筛查确诊的患儿通过早期干预可避免脑损伤，延迟诊断可能造成不可逆损害。
严格遵循特殊饮食、药物替代治疗的患儿预后良好，擅自中断治疗可能诱发代谢危象。
建议育龄夫妇进行携带者筛查，新生儿出生后完成遗传代谢病筛查，确诊患者需终身在专科医生指导下进行个体化管理。
