婴儿重度肺动脉高压可以治疗，治疗方案主要包括氧疗、靶向药物治疗、手术治疗以及综合支持治疗。具体治疗方式需根据病因及病情严重程度制定。
低氧血症患儿需通过鼻导管或面罩吸氧改善氧合，部分病例可能需高频振荡通气。氧疗可缓解肺动脉痉挛，但无法根治结构性病变。
波生坦、西地那非等血管扩张剂可降低肺动脉压力，需监测肝功能及血压。危重患儿可能需静脉用前列环素类似物如伊洛前列素。
房间隔造口术适用于药物难治性病例，终末期需考虑肺移植。先天性心脏病相关者应尽早行畸形矫正手术。
维持水电解质平衡，预防呼吸道感染，必要时使用强心剂。早产儿需同步治疗支气管肺发育不良等基础疾病。
家长需定期监测血氧及发育指标，避免剧烈哭闹诱发危象，喂养时采用少量多次方式减少心脏负荷。建议在专科医院进行长期随访管理。
