病毒性角膜炎多数情况下无须更换眼角膜，主要通过抗病毒药物、糖皮质激素、免疫调节剂、角膜修复剂等治疗。严重角膜穿孔或瘢痕导致失明时可能需角膜移植。
阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦凝胶、伐昔洛韦片等药物可抑制病毒复制，适用于单纯疱疹病毒性角膜炎急性期。
氟米龙滴眼液、妥布霉素地塞米松眼膏等可控制炎症反应，需在医生监测下使用以避免激素性青光眼。
环孢素滴眼液通过调节T细胞功能减轻免疫损伤，适用于反复发作的基质型角膜炎。
角膜板层移植或穿透性角膜移植适用于药物治疗无效的全层角膜混浊，术后需长期使用抗排斥药物。
日常需避免揉眼、佩戴隐形眼镜，出现眼红眼痛加重或视力下降应及时复查。角膜移植后需终身随访排斥反应。
