肛瘘通常建议手术治疗，非手术方法仅适用于部分早期或特殊病例，主要包括局部抗生素治疗、纤维蛋白胶封堵、挂线疗法和中医外治法。
早期浅表肛瘘可能通过莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等外用抗生素控制感染，但易复发。
适用于单纯性低位肛瘘，通过注射医用纤维蛋白胶封闭瘘管，创伤小但成功率有限。
采用橡胶线或丝线缓慢切割瘘管，适用于高位复杂性肛瘘术前准备，需多次换线。
使用九华膏、生肌玉红膏等促进创面愈合，配合熏洗疗法缓解症状，无法根治病灶。
肛瘘自愈概率极低，长期不治疗可能引发肛周脓肿或癌变，建议尽早就医评估手术必要性，术后保持肛门清洁并避免辛辣饮食。
