脑干囊肿多数情况下属于良性病变，是否严重需结合囊肿大小、位置及是否压迫神经判断，主要影响因素有囊肿生长速度、是否伴随症状、患者年龄、影像学特征。
直径小于10毫米且无占位效应的囊肿通常无须特殊治疗，定期复查磁共振成像监测变化即可。
位于脑干呼吸心跳中枢的囊肿可能引起吞咽困难或平衡障碍，此类情况需神经外科评估手术干预必要性。
出现持续性头痛、眼球运动异常或肢体无力等症状时，可能与囊肿压迫有关，需进行弥散张量成像评估神经纤维受损情况。
蛛网膜囊肿等先天性病变进展缓慢，而表皮样囊肿存在破裂风险，后者需更密切随访。
建议避免剧烈运动防止囊肿破裂，出现进行性加重的神经功能缺损时应立即就诊神经外科，日常保持规律作息有助于神经系统健康监测。
