肛瘘严重时通常需要通过手术治疗，常见方法包括瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术以及生物补片修复术。
适用于低位单纯性肛瘘，通过切开瘘管促进愈合，术后需配合坐浴和抗生素如头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星预防感染。
针对高位复杂性肛瘘，利用橡皮筋缓慢切割瘘管，减少肛门失禁风险，可能与肛腺感染或克罗恩病有关，表现为反复肿痛和渗液。
彻底切除瘘管及周围瘢痕组织，适用于复发型肛瘘，通常由结核分枝杆菌感染导致，伴随发热和乏力等全身症状。
采用生物材料填充瘘管腔隙，适合合并糖尿病等基础疾病患者，需联合使用胰岛素控制血糖以促进创面愈合。
术后保持会阴清洁干燥，避免久坐久站，饮食选择高膳食纤维的燕麦、西蓝花等，定期复查直至瘘管完全闭合。
