多数肛瘘患者需要手术治疗，但极少数表浅单纯性肛瘘可能通过药物和护理控制。肛瘘的治疗方式主要有手术切除、挂线疗法、药物控制、引流护理。
肛瘘根治需手术完整切除瘘管，适用于高位复杂性肛瘘。可能与肛周脓肿溃破有关，表现为反复流脓和疼痛。可遵医嘱使用头孢克肟、甲硝唑、地奥司明等药物控制感染。
通过橡皮筋缓慢切割瘘管，适合低位经括约肌肛瘘。可能与克罗恩病有关，伴随腹泻和肛周肿块。需配合使用美沙拉嗪、柳氮磺吡啶等免疫调节剂。
抗生素和坐浴可缓解急性感染，适用于手术禁忌者。可能与糖尿病有关，表现为血糖控制不佳。可使用阿莫西林克拉维酸钾、左氧氟沙星等广谱抗生素。
定期冲洗和敷料更换可减少分泌物刺激。多因肛腺感染导致，常见肛周潮湿瘙痒。可选用高锰酸钾溶液、碘伏溶液进行局部消毒。
术后需保持肛周清洁干燥，避免久坐久站，每日温水坐浴有助于创面愈合，饮食宜清淡富含膳食纤维。
