葡萄糖胺软骨素可能引起胃肠不适、过敏反应、血糖波动及肝肾功能异常等副作用，使用前应咨询医生评估风险。
葡萄糖胺软骨素可能刺激胃肠黏膜，引发恶心、腹胀或腹泻。建议随餐服用减轻刺激，症状持续需停药并就医。
部分人群对甲壳类来源的葡萄糖胺过敏，表现为皮疹、瘙痒或呼吸困难。出现过敏症状应立即停用并接受抗过敏治疗。
葡萄糖胺可能影响胰岛素敏感性，糖尿病患者使用期间需加强血糖监测。必要时调整降糖药物剂量。
长期大剂量可能增加肝肾代谢压力，肝肾功能不全者应避免使用。定期检查肝肾功能指标有助于早期发现异常。
使用葡萄糖胺软骨素期间应避免饮酒，注意观察身体反应，骨关节炎患者可配合低冲击运动缓解关节负担。
