锥虫病侵入脑部可能导致脑膜脑炎、嗜睡症、神经系统损伤甚至死亡，危害程度从认知障碍逐步发展为多器官衰竭。
锥虫通过血脑屏障后引发脑实质炎症，早期表现为注意力不集中、记忆力减退，需使用硝呋莫司配合糖皮质激素控制感染。
基底神经节受损导致步态异常和震颤，可用依氟鸟氨酸联合物理康复治疗，伴随脑脊液淋巴细胞增多。
下丘脑受累引发不可控睡眠周期紊乱，出现日间过度嗜睡，需苯硝唑配合中枢兴奋剂莫达非尼干预。
晚期锥虫毒素累积导致心肌炎和肝肾功能损伤，表现为全身水肿和心律失常，需血液净化联合支持治疗。
预防重点在于避免采采蝇叮咬，疫区居民出现持续发热或行为异常时应立即进行脑脊液PCR检测。
