木棉花具有清热解毒、祛湿止痢、止血等功效，主要用于治疗泄泻痢疾、血热出血、湿疹疮毒等症状，可煎汤内服或捣敷外用。
木棉花性凉味甘，能清除体内热毒，适用于风热感冒、咽喉肿痛等症状，可配伍金银花、连翘等药物增强疗效。
对湿热下注引起的腹泻痢疾有缓解作用，常与马齿苋、黄连同用，其花蕊所含鞣质能抑制肠道蠕动。
所含黄酮苷成分可收缩毛细血管，适用于鼻衄、痔疮出血等症，多与地榆、槐花等止血药配伍使用。
新鲜花朵捣烂外敷可缓解皮肤湿疹、疮疡肿痛，其抗菌成分对金黄色葡萄球菌等有抑制作用。
使用木棉花需辨证施治，虚寒体质者慎用，建议在中医师指导下配伍应用，新鲜花朵外敷前应做皮肤过敏测试。
