肝自身免疫性肝炎多数情况下属于慢性进展性疾病，严重程度因人而异，主要与疾病分期、肝功能损害程度、是否合并肝硬化、治疗反应性等因素有关。
早期患者可能仅表现为轻度转氨酶升高，及时干预可控制病情；若进展至肝硬化阶段则可能引发腹水、肝性脑病等严重并发症。
胆红素持续升高或凝血功能异常提示肝细胞大量坏死，此时病情较重，需密切监测国际标准化比值等指标。
未规范治疗者5年内肝硬化发生概率较高，合并门静脉高压时可能出现食管胃底静脉曲张破裂出血等危急情况。
对糖皮质激素敏感者预后较好，约20％患者可能发展为激素耐药型，需联合硫唑嘌呤等免疫抑制剂治疗。
确诊后应严格遵医嘱使用泼尼松、布地奈德等药物，定期复查肝功能与肝脏弹性检测，避免摄入高脂饮食及肝毒性物质。
