手足口病并发症可能表现为无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、心肌炎等，严重程度从神经系统损害到心肺功能衰竭不等。
无菌性脑膜炎可能与肠道病毒直接侵袭中枢神经系统有关，通常表现为发热、头痛、呕吐等症状。治疗需住院进行降颅压、抗病毒等综合处理，药物可选更昔洛韦注射液、甘露醇注射液、免疫球蛋白。
病毒性脑炎多由EV71型肠道病毒引起，可能出现意识障碍、抽搐等症状。需重症监护治疗，常用药物包括阿昔洛韦注射液、甲泼尼龙琥珀酸钠、人血白蛋白。
急性弛缓性麻痹与脊髓前角细胞受损相关，表现为突发性肢体无力。需早期康复干预，药物可使用维生素B1注射液、甲钴胺注射液、神经节苷脂钠。
神经源性肺水肿属于危重症候，与交感神经过度兴奋有关，表现为呼吸困难、粉红色泡沫痰。需气管插管机械通气，药物包括呋塞米注射液、多巴酚丁胺、硝酸甘油注射液。
出现并发症需立即就医，治疗期间注意隔离防护，康复阶段可适当补充维生素与优质蛋白促进恢复。
