真菌性肺炎多数可以治愈，治疗效果与感染真菌种类、患者免疫状态、治疗时机等因素有关，主要治疗方法包括抗真菌药物、支持治疗、并发症管理等。
针对肺组织感染的真菌类型选择敏感药物，如伏立康唑、两性霉素B、卡泊芬净等，疗程需足够长以彻底清除病原体。
对于重症患者需要氧疗维持呼吸功能，必要时采用机械通气，同时纠正水电解质紊乱和营养支持。
合并免疫缺陷者需重建免疫功能，HIV感染者应进行抗病毒治疗，移植患者需调整免疫抑制剂用量。
出现肺脓肿需穿刺引流，合并胸腔积液时行胸腔闭式引流，呼吸衰竭患者考虑体外膜肺氧合支持。
治疗期间应加强营养摄入，保持环境清洁避免重复感染，遵医嘱完成整个疗程并定期复查胸部影像学。
