畸形水果一般可以食用，其外观异常通常由授粉不均、温度波动或轻微机械损伤等非致病因素引起，不影响食用安全性。若存在局部霉变或虫蛀则不建议食用。
多数畸形仅表现为形状不规则或色泽不均，不影响果肉品质和营养价值。例如分叉的胡萝卜、双连体的草莓等，这类水果内部组织结构正常，无毒性物质积累，可正常去皮食用。农业标准中允许销售此类产品，仅因外观不符合商业分级标准而被淘汰，实际糖分、维生素含量与普通水果无显著差异。
少数情况下需警惕病理性畸形。果实表面出现大面积凹陷、异常瘤状突起或伴随霉斑时，可能由病原微生物感染或过量农药残留导致。这类水果可能含有展青霉素等毒素，食用后可能引发恶心、腹泻等不适症状。尤其需避免食用已腐烂部位周围看似正常的果肉，因霉菌毒素可能已扩散。
选购时可优先挑选表皮完整、无腐败气味的水果，轻微变形可切除异常部位后食用。储存时注意通风防潮，发现霉变及时丢弃。若误食变质水果后出现腹痛、呕吐等症状，建议及时就医。
