复杂性肛瘘多数情况下可以一次性手术根治，手术方式主要有肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法、生物补片修复术。
适用于低位肛瘘，通过切开瘘管促进愈合，可能与肛腺感染、克罗恩病等因素有关，通常表现为肛周肿痛、渗液等症状。
适用于高位单纯性肛瘘，完整切除瘘管组织，可能与外伤、结核感染等因素有关，常伴随发热、肛门坠胀感等症状。
适用于高位复杂性肛瘘，通过弹性线缓慢切割瘘管，可能与糖尿病、免疫缺陷等因素有关，可能出现反复流脓、肛周湿疹等症状。
适用于复发型肛瘘，采用生物材料填充瘘管，可能与恶性肿瘤放疗、先天性畸形等因素有关，常伴肛门失禁、瘢痕增生等症状。
术后需保持肛门清洁，每日温水坐浴，避免辛辣刺激饮食，定期复查评估愈合情况。
