婴儿遗传代谢病部分类型可通过早期干预控制症状，治疗效果与疾病种类、发现时间有关，主要干预方式包括饮食管理、药物替代治疗、酶替代疗法、基因治疗等。
苯丙酮尿症等氨基酸代谢病需严格限制特定蛋白摄入，采用特殊配方奶粉，配合定期血值监测，多数患儿可正常发育。
先天性甲状腺功能减退需终身补充左甲状腺素钠，戈谢病使用伊米苷酶替代治疗，可显著改善器官损伤和神经系统症状。
庞贝病通过注射α-葡萄糖苷酶改善心肌病变，黏多糖贮积症采用拉罗尼酶可缓解关节僵硬，需持续治疗维持效果。
针对部分单基因代谢病如肾上腺脑白质营养不良，造血干细胞移植联合基因修饰技术可延缓疾病进展，尚处临床研究阶段。
确诊后应立即在遗传代谢专科指导下制定个体化方案，新生儿筛查能显著提高治愈概率，避免不可逆损伤。
