手足口病可选用含氯消毒液、过氧化物类消毒液、碘伏等消毒剂进行环境及物品消毒。手足口病主要由肠道病毒引起，病毒对多种消毒剂敏感，但需注意消毒液的浓度和使用方法。
含氯消毒液如84消毒液能有效灭活肠道病毒，适用于桌椅、玩具等物体表面消毒，使用前需按说明书稀释，避免腐蚀性刺激。过氧化物类消毒液如过氧化氢溶液对皮肤黏膜刺激性较小，适合手部及小面积物品消毒，但需避光保存防止失效。碘伏可用于皮肤创面消毒，但对金属有腐蚀性且可能染色。75％乙醇对部分肠道病毒灭活效果有限，不推荐作为主要消毒手段。季铵盐类消毒剂对无包膜病毒效果较差，需与其他消毒剂配合使用。
消毒时应重点处理患儿接触过的玩具、餐具、衣物等物品，桌椅门把手等高频接触表面每日至少消毒一次。配制消毒液须现配现用，擦拭后保持湿润作用时间达到说明书要求。消毒剂存放要远离儿童，避免误食或接触眼睛。患儿粪便要用含氯消毒剂覆盖处理后再冲入下水道，衣物煮沸消毒后再清洗。康复后仍要继续消毒一周，防止病毒残留导致复发或传播。
