肛瘘手术成功率通常较高，多数患者通过规范手术可获得良好疗效。手术效果与瘘管复杂程度、术式选择及术后护理等因素相关。
单纯性低位肛瘘手术成功率可达较高水平，这类瘘管位置表浅、分支少，术中能完整切除病灶。常用术式包括瘘管切开术、肛瘘切除术等，术后配合抗感染治疗和创面换药，多数患者在1-2个月内愈合。术后复发概率较低，常见于未彻底清除内口或存在隐匿性分支的情况。
复杂性高位肛瘘治疗难度相对较大，尤其涉及肛门括约肌的跨括约肌型或马蹄型肛瘘。这类手术需平衡病灶清除与肛门功能保护，可能采用挂线疗法、推移瓣技术等。部分患者需分期手术，术后可能出现暂时性肛门失禁或创面延迟愈合，但通过精细化手术操作和康复训练，仍能获得较好疗效。极少数合并克罗恩病等基础疾病者，需长期综合管理。
术后保持肛周清洁干燥，避免久坐久站，饮食注意补充优质蛋白和膳食纤维。定期复查有助于早期发现异常，出现发热、剧烈疼痛或渗液增多应及时就医。吸烟者术前戒烟可降低复发风险，糖尿病患者需严格控制血糖。
