扁桃体结石清理通常不会明显疼痛，但可能因操作不当或个体敏感度差异出现轻微不适。扁桃体结石是隐窝内脱落上皮、细菌及食物残渣钙化形成的硬物，清理时需注意避免损伤黏膜。
多数情况下，扁桃体结石可通过温和方法自行清理。使用无菌棉签轻轻按压扁桃体隐窝周围，结石可能自然脱落。生理盐水漱口有助于松动结石并减少口腔细菌，降低清理时的刺激感。若结石位置较浅且体积较小，清理过程几乎无痛感，仅可能伴随短暂异物感。
少数情况下，扁桃体结石清理可能引发疼痛。若结石嵌入深部隐窝或与周围组织粘连，强行清理可能导致黏膜轻微撕裂或出血，产生刺痛感。合并慢性扁桃体炎的患者，因局部炎症存在，清理时更易出现敏感反应。此时建议由医生使用专业器械处理，避免自行操作加重损伤。
清理后需保持口腔清洁，每日用温盐水漱口3-4次，减少细菌滋生。避免进食辛辣、坚硬食物刺激创面。若出现持续疼痛、出血或发热，可能提示继发感染，应及时就诊耳鼻喉科。对于反复发作的扁桃体结石，可考虑咨询医生是否需要进一步治疗。
