治疗常分为两步：首先静脉使用广谱抗生素迅速控制感染中毒症状，然后口服抗生素直至痊愈。治疗前应常规做清洁中段尿培养，然后立即静脉给予广谱抗生素。可供选择的抗生素很多，如氟喹诺酮类、头孢菌素类、氨曲南、β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制药等。体温正常24h后，口服TMP-SMZ或氟喹诺酮类，疗程14天。目前适用于治疗急性肾盂肾炎的药物，不仅有第二、三、四代头孢菌素，有较新的抗菌制剂氨曲南、依米配能，还有β-内酰胺酶抑制药联合治疗诸如联合治疗诸如替卡西林加克拉维酸等。这些制剂的优点在于既具有抗革兰阴性杆菌(包括假单孢菌属)耐药菌株的良好疗效，又避免了氨基糖苷类抗生素的肾毒性。
