手足口病的病原体主要是肠道病毒，包括柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型，其他肠道病毒也可能引起该病。
手足口病由多种肠道病毒感染引起，其中柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型最为常见。柯萨奇病毒A组16型通常导致轻症病例，表现为手、足、口腔等部位出现疱疹或溃疡，可能伴有低热。肠道病毒71型感染则可能引发重症，除典型皮疹外，可能出现脑炎、肺水肿等严重并发症。其他肠道病毒如柯萨奇病毒A组4-7型、9型、10型以及B组1-3型、5型等也可致病，但概率较低。这些病毒主要通过粪口途径传播，也可经呼吸道飞沫或接触患者疱疹液传播。
预防手足口病需注意个人卫生，勤洗手并避免接触患者。患儿应居家隔离至症状消失后一周，对污染物品需用含氯消毒剂处理。目前针对肠道病毒71型的灭活疫苗已在国内上市，可有效预防该型病毒引起的重症病例。若出现持续高热、精神差、肢体抖动等重症表现，须立即就医。
