维生素B1通常安全性较高，但过量或长期使用可能引起头痛、恶心、过敏反应等不良反应。维生素B1是水溶性维生素，多余部分可随尿液排出，但个别情况下可能出现皮肤瘙痒、低血压或胃肠道不适。
维生素B1的副作用多与剂量相关。常规剂量下极少出现不良反应，但每日摄入量超过推荐值数倍时，可能引发食欲减退、疲倦感或心律失常。口服制剂的不良反应较轻，注射用药可能引起注射部位红肿或全身性过敏反应。对硫胺素衍生物过敏者可能出现皮疹、呼吸困难等速发型超敏反应。长期大剂量使用可能干扰其他B族维生素代谢，导致营养失衡。
使用维生素B1期间应避免同时服用含鞣质的中药，可能降低药效。胃肠功能较弱者建议餐后服用以减少刺激。出现皮肤潮红、心悸等不良反应时应暂停用药并咨询医生。日常饮食中全谷物、瘦肉、豆类可提供充足维生素B1，健康人群通常无须额外补充。特殊人群如糖尿病患者、酒精依赖者需在医生指导下规范用药，不可自行增加剂量。
