新生儿黄疸蓝光治疗总体安全性较高，但可能出现发热、皮疹、腹泻等短期不良反应，通常停止照射后可自行缓解。蓝光治疗是新生儿高胆红素血症的标准疗法，需在医生严格监测下进行。
蓝光治疗过程中部分婴儿可能出现体温轻度升高，这与光疗设备产热及婴儿体温调节功能不完善有关。医护人员会通过调节箱温、增加水分摄入等方式处理。少数患儿照射后皮肤出现红色斑疹或青铜色色素沉着，多与胆红素光化学反应产物沉积有关，停止光疗后数周内逐渐消退。另有约20％患儿出现绿色稀便，系胆红素经肠道排泄增多所致，无须特殊处理。早产儿或低体重儿长时间照射可能增加脱水风险，需加强液体管理。
极少数情况下可能发生视网膜损伤或生殖器保护不当导致的暂时性影响。现代蓝光箱均配备专用眼罩和尿布，且治疗时医护人员会定时调整体位。目前尚无证据表明规范蓝光治疗会影响远期生长发育，治疗期间医生会定期检测胆红素水平、电解质等指标，确保治疗安全有效。
家长需配合医护人员做好眼部及会阴防护，按需哺乳维持水分，观察患儿精神状态。若发现皮肤灼伤、持续高热或喂养困难等情况应及时告知医生。蓝光治疗室需保持适宜温湿度，避免过度包裹影响散热。治疗后适当补充维生素D有助于钙质吸收，日常注意观察黄疸消退情况，定期随访评估生长发育指标。
