胃肠间质瘤需与平滑肌瘤、神经鞘瘤、纤维瘤病及转移性肿瘤等疾病鉴别，主要通过病理免疫组化检测CD117和DOG-1阳性确诊。
1、平滑肌瘤平滑肌瘤多起源于消化道固有肌层，镜下可见梭形细胞束状排列，但缺乏CD117表达，胃肠间质瘤则表现为CD117强阳性。
2、神经鞘瘤神经鞘瘤S-100蛋白阳性而CD117阴性，肿瘤边界清晰且常见Verocay小体结构，胃肠间质瘤极少出现神经鞘瘤样排列。
3、纤维瘤病纤维瘤病呈浸润性生长且β-catenin核阳性，胃肠间质瘤具有明确肿块边界，两者组织学形态和分子标记存在显著差异。
4、转移性肿瘤转移性腺癌可通过CKpan等上皮标记物鉴别，黑色素瘤则表现为HMB45阳性，胃肠间质瘤不表达这些标记物。
确诊需结合影像学特征、病理形态及免疫组化结果，必要时进行基因检测排除其他梭形细胞肿瘤。
