芥菜具有一定的药用功效，其叶、籽及根均可入药，传统医学认为具有温中散寒、化痰止咳、消肿止痛等作用，现代研究也发现其含有硫代葡萄糖苷等活性成分。
芥菜性温，适合脾胃虚寒者食用，可缓解胃脘冷痛。其辛辣成分能促进血液循环，改善手脚冰凉症状。风寒感冒初期可用芥菜煮汤发汗。
芥菜籽含有的芥子油苷水解后生成异硫氰酸酯，能刺激呼吸道黏膜促进排痰。适用于寒痰咳嗽，常与杏仁配伍使用。
新鲜芥菜叶捣碎外敷可缓解关节肿痛，芥菜籽研末调敷能改善跌打损伤。所含硫化合物具有抗炎作用，但皮肤破损者禁用。
芥菜富含维生素C、钙及膳食纤维，有助于增强免疫力、预防骨质疏松。腌制后的芥菜酸菜含益生菌，可调节肠道菌群平衡。
食用芥菜需适量，胃肠溃疡及阴虚火旺者慎用。药用建议在中医师指导下进行，避免与某些药物同服产生相互作用。
