对于严重的肠道畸形，这也取决于严重程度。平时日常生活中是否会出现消化不良、便血、甚至排便异常等手术指征，取决于病情的严重程度。必要的时候，应选择手术治疗，包括微创手术，甚至传统的经腹手术。应注意改变不良的生活习惯和饮食习惯，并适当选择清淡易消化的食物。重复畸形囊肿切除部分肠重复有独立的肠系膜和血管分支，可以完全切除。对于与主肠道肠系膜紧密相连的重复畸形，操作者应仔细寻找主肠道和畸形囊肿之间的直接营养囊肿的血管分支。诺里斯指出，当主肠道和重复畸形之间有明显的间隙时，表明畸形的肠道有自己独立的血管分支，从肠系膜的前叶(或后叶)到畸形囊肿的前壁(或后壁)。
