治疗主要仍然是以水杨酸类药物，皮质类药物，和免疫抑制剂治疗为主，但是随着分子药物学研究进展而有更新的解释，近年来主要还是根据分子生物学，主要用量抗肿瘤坏死因子，这个研究是最多的，因为抗肿瘤坏死因子，主要是给予巨噬细胞，t淋巴细胞在免疫反应中的中心地位，针对其分化转录表达中的关键步骤在细胞的分子水平上进行干预，包括磷脂，花生四烯酸代谢过程中某些关键步骤地组织，目前已有大量实验证明肿瘤坏死因子与炎症性肠病的发病进展和转归有着密切的关系。炎症性肠病的诊疗新进展目前炎症性肠病，在免疫系统遗传和环境因素方面的研究进展，肠道炎症免疫介质方面的进展，细胞和分子生物的有力结合，为炎症性肠病的治疗取得了实质性的进展，主要还是针对发病机制各个重要环节予以阻断。
