绝大多数肝囊肿是先天性的，即某些先天性发育异常导致肝囊肿的形成。后天因素很少。例如，在牧区，如果人们感染了囊虫病，寄生虫囊肿就会出现在肝脏。外伤、炎症甚至肿瘤也会导致肝囊肿。肝囊肿的病因大多是由肝内小胆管发育障碍引起的，单个肝囊肿的发生是由异位胆管引起的。肝囊肿生长缓慢，因此可能在很长一段时间或一生中无症状。其临床表现也因囊肿的位置、大小、数量、邻近器官是否受压以及并发症的存在与否而异。囊肿既不会影响肝功能，也不会发展成肝癌，所以这种囊肿通常不需要治疗，只需要定期复查。但是如果它太大而不能让病人感到不舒服，它是可以治疗的。治疗期间无需手术。在超声波的引导下，医生可以将细针插入囊肿内，用细针抽出囊肿内的液体，然后注射纯酒精，这样囊肿就不会再次生长。如果囊肿变得非常大并且患者感到非常疼痛，也可以考虑通过手术将囊肿和囊肿膜一起移除来解决患者的疼痛。
