顽固性的尿路刺激症状是泌尿生殖系结核的典型，也是非特异性的症状，常常导致诊断困难。附睾结核其典型的表现是慢性附睾炎，由阴囊皮肤干酪形成，是附睾结核特异性表现。实验室检查包括ppD试验阳性者支持附睾结核感染的诊断，ppD试验阴性并不能完全排除结核杆菌的感染。尿常规检查、尿沉渣抗酸染色、尿结核杆菌培养和尿结核杆菌DNA检查是化验检查的必备项目。影像学检查的B超检查若出现以下表现要考虑肾结核的可能性，第一原因不明的肾积水，肾脏扩张集合系统不规则合并强回声钙化灶。第二肾实质出现形态异常无回声区，输尿管增粗，管壁回声增强，内径轻度扩大，膀胱体积正常或缩小，壁厚呈毛糙态常伴有对侧的输尿管扩张和肾积水。CT检查是精标准，膀胱镜检查是诊断泌尿男生殖结核的重要手段，镜下可以看到膀胱黏膜的典型结核结节和溃疡表现，冲水后粘膜广泛的出血也是膀胱结核的典型表现之一。
