跖疣一般不会终身携带HPV病毒，多数患者在治疗后病毒可被清除。
跖疣是由人乳头瘤病毒感染引起的皮肤良性增生，病毒通常局限于表皮层。免疫系统功能正常者通过规范治疗和自身免疫应答，可在数月到数年内清除病毒。临床常见治疗方法包括冷冻治疗、激光祛除或外用咪喹莫特乳膏，这些手段能有效破坏被病毒感染的角质形成细胞。治疗后定期复查显示，多数患者病灶消除后未再复发，HPV检测也转为阴性。
少数免疫功能低下患者可能出现病毒持续感染，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者或先天性免疫缺陷人群。这类患者需在治疗跖疣的同时进行免疫调节，必要时需延长抗病毒治疗周期。但即使病毒未被完全清除，也不代表具有传染性，病毒载量通常低于检测阈值。
建议保持足部清洁干燥，避免与他人共用鞋袜，治疗期间可配合使用干扰素凝胶增强局部免疫力。
HPV阴性但出现疣体可能与假阴性结果、非HPV病毒疣体或其他皮肤病变有关。尖锐湿疣通常由HPV感染引起，但部分疣体可能由传染性软疣病毒、寻常疣病毒等非高危型HPV导致。
假阴性结果可能因取样不当、检测方法局限或病毒载量过低导致。非HPV病毒疣体如传染性软疣表现为蜡样光泽的半球形丘疹，可通过接触传播；寻常疣多由HPV1/2/4型引起，常见于手足部。其他可能包括皮赘、脂溢性角化等良性增生，需通过皮肤镜或病理检查鉴别。
建议尽早就医进行醋酸白试验或组织活检明确诊断。日常应避免搔抓疣体，保持患处清洁干燥，性伴侣需同步检查。
