胎儿肾积水可能与染色体异常有关，常见关联包括17号染色体（17q12微缺失综合征）、16号染色体（16p11.2微缺失）、22号染色体（22q11.2缺失综合征）及X染色体异常。多数情况下胎儿肾积水为生理性，少数与遗传性疾病相关。
17q12微缺失综合征可能导致肾脏发育异常，表现为肾积水伴糖尿病或神经系统症状，需通过超声及基因检测确诊，出生后需监测肾功能。
16p11.2微缺失可能与泌尿系统畸形相关，部分患儿合并发育迟缓，产前发现肾积水时应结合羊水穿刺进行染色体微阵列分析。
22q11.2缺失综合征（DiGeorge综合征）可引发多系统异常，肾积水常合并心脏畸形，需多学科协作评估胎儿预后。
X连锁遗传病如Alport综合征早期可表现为胎儿肾积水，有家族史者建议进行针对性基因检测，出生后需定期尿检及听力筛查。
孕期发现肾积水应完善超声分级及遗传学检查，多数轻度积水出生后可自行缓解，中重度需新生儿科随访评估手术干预必要性。
