发酵食品对儿童主要有促进消化吸收、增强免疫力、改善肠道菌群、补充营养素、降低过敏风险等好处。
发酵过程中微生物会分解食物中的大分子物质，如乳酸菌能将乳糖转化为乳酸，使乳制品更易被儿童消化。泡菜中的酵母菌可分解蔬菜纤维素，帮助儿童吸收蔬菜中的矿物质。发酵产生的蛋白酶还能分解豆类中的抗营养因子，提高植物蛋白利用率。
酸奶中的保加利亚乳杆菌能刺激儿童肠道淋巴组织发育，增强黏膜免疫屏障功能。纳豆激酶可激活巨噬细胞活性，帮助儿童抵抗呼吸道感染。发酵食品含有的抗菌肽能抑制致病菌生长，减少儿童腹泻发生概率。
酸牛奶中的双歧杆菌可直接定植于儿童肠道，纠正菌群失衡状态。味噌含有的酵母菌能产生短链脂肪酸，为肠道有益菌提供生长基质。长期食用发酵食品的儿童，肠道内拟杆菌门与厚壁菌门的比例更趋合理。
发酵能使谷物中的B族维生素含量增加，如馒头比面粉的维生素B1含量高。豆豉发酵过程中会产生维生素B12，适合素食儿童补充。韩国泡菜富含发酵产生的维生素K2，有助于儿童骨骼发育。
早期引入酸奶可降低儿童对乳蛋白的致敏性，发酵过程会改变蛋白质抗原结构。德国研究发现，常吃酸菜的儿童花粉过敏概率较低，可能与发酵食品调节Th1/Th2免疫平衡有关。日本纳豆中含有的多聚谷氨酸能减轻特应性皮炎症状。
家长可给儿童选择无添加糖的纯酸奶、低盐泡菜等健康发酵食品，建议从1岁后开始少量尝试，观察是否出现腹胀等不适。注意发酵食品需冷藏保存避免污染，开封后尽快食用。对于免疫功能低下的儿童，应咨询医生后再决定是否食用活菌型发酵食品。日常可将酸奶作为点心，用味噌代替部分食盐调味，每周安排3-4次发酵食品摄入更有利于儿童健康。
