枸杞通常不建议用水煮，高温长时间加热可能导致活性成分流失。枸杞含有多种热敏性营养物质，直接冲泡或低温处理更有利于保留其功效。
枸杞中的多糖、甜菜碱等成分在高温下易被破坏。水煮时持续沸腾会使部分水溶性维生素溶解到汤水中，同时高温可能改变枸杞的分子结构，降低其抗氧化能力。传统中医使用枸杞多采用温水浸泡或直接嚼服，避免长时间煎煮对有效成分的损伤。现代研究也表明，80℃以上的温度持续10分钟以上时，枸杞多糖的损失率会明显增加。
特殊情况下如配伍中药汤剂时，枸杞可与其他药材同煎，此时高温煮沸属于必要工艺。部分地域习惯将枸杞与肉类炖煮，虽然会损失部分营养，但通过延长炖煮时间可使脂溶性成分溶出，仍能发挥一定滋补作用。这类烹饪方式需控制火候，避免持续剧烈沸腾。
日常食用枸杞建议用60℃左右温水冲泡，加盖焖泡10分钟即可饮用，可重复冲泡2-3次。搭配菊花、红枣等食材时，可先煮沸其他材料，关火后再加入枸杞。储存时应密封避光，防止受潮变质。若需煎煮入药，应遵医嘱控制煎煮时间和火候，不可自行延长煎药时间。
