带黑斑的红薯通常不能吃，可能与黑斑病或霉变有关，食用后可能引发胃肠不适甚至中毒。黑斑病由甘薯长喙壳菌感染引起，霉变则可能产生有毒物质。
黑斑病会导致红薯表皮出现凹陷的黑色或褐色斑点，内部组织变硬发苦。这种病害在储存不当或环境潮湿时容易发生，病原菌分泌的毒素耐高温，普通烹饪无法破坏。霉变的红薯可能滋生霉菌并产生黄曲霉毒素等有害物质，表现为表面有绒毛状菌丝或散发霉味。霉变红薯即使切除变质部分，毒素也可能扩散至看似正常的组织。食用后可能出现恶心呕吐、腹痛腹泻等急性中毒症状，长期摄入还可能增加肝脏损伤风险。
部分红薯表皮的黑褐色可能源于运输磕碰或低温冻伤，这类物理损伤通常仅限于表层，切开后内部颜色正常且无异味。但若伴随组织软化、渗液或气味异常，则可能已继发微生物污染。个别地区存在表皮天然深色的红薯品种，但这类品种的黑斑分布均匀且不会出现病理性溃烂，需与病理性黑斑严格区分。
建议挑选表皮光滑无破损、肉质坚硬的红薯，储存时保持干燥通风。发现黑斑后应整块丢弃，避免挖除局部后食用。若误食黑斑红薯后出现头晕、呕吐等症状，应立即就医并保留食物样本供检测。日常可将红薯存放在12-15℃环境中，避免与潮湿物品共同存放。
