肠胃不好的人通常不宜喝豆浆，可能与豆浆中的低聚糖、抗营养因子以及高膳食纤维含量有关。肠胃功能较弱时，这些成分可能加重腹胀、腹泻等不适症状。
豆浆含有棉子糖、水苏糖等低聚糖，人体缺乏分解这类糖分的消化酶，它们会直接进入肠道被细菌发酵产气。肠胃敏感者饮用后容易出现肠鸣、腹部胀痛。部分人群对大豆蛋白消化能力较差，未充分分解的蛋白质可能刺激胃肠黏膜，诱发恶心或排便异常。生豆浆含胰蛋白酶抑制剂等抗营养因子，若加热不彻底会干扰蛋白质消化吸收，引发消化不良。市售豆浆可能添加糖分，过量摄入会改变肠道渗透压，加速肠蠕动导致腹泻。胃肠炎恢复期或肠易激综合征患者饮用后症状可能反复。
少数对大豆不过敏且消化功能尚可的肠胃不适者，选择充分煮沸的淡豆浆少量饮用通常无碍。乳糖不耐受人群用豆浆替代牛奶时，建议从50毫升开始测试耐受度。术后肠粘连患者需遵医嘱决定是否饮用，避免豆类纤维引发肠梗阻。胃酸分泌过少者可搭配馒头等淀粉类食物同食，降低豆浆对胃黏膜的直接刺激。
肠胃不适期间应优先选择易消化的米汤、藕粉等低渣流食。症状缓解后尝试豆浆可先滤去豆渣，采用少量多次的饮用方式。日常注意观察食用后的排便变化，若出现持续腹痛或腹泻需停止饮用并咨询营养师。合并胃溃疡或反流性食管炎者，建议选择低脂无糖的市售豆浆产品。
