苹果核通常不建议食用。苹果核含有微量氰苷类物质，咀嚼或破碎后可能释放氢氰酸，但单次少量摄入一般不会造成中毒。
苹果核外层的木质部分难以消化，可能刺激胃肠黏膜引起不适。完整吞咽的苹果核通常可随粪便排出，但幼儿或胃肠功能较弱者可能出现腹胀。苹果核中的氰苷在果仁中浓度较高，每克果仁约含1-2毫克氰苷，需咀嚼50颗以上苹果核才可能达到中毒剂量。日常误食1-2颗苹果核无需过度担忧，人体可通过代谢途径分解微量氢氰酸。
苹果核误食后出现头晕、恶心等不适症状的概率极低，多见于短时间内大量摄入破碎果核的情况。特殊体质人群如氰化物代谢酶缺乏者，可能对氰苷更敏感。工业生产中提取苹果籽油的工艺会经过脱毒处理，家庭自制果汁时建议去核。
建议食用苹果时去除果核部分，尤其需避免让儿童咀嚼果核。若误食大量苹果核后出现口唇麻木、呼吸困难等症状，应立即就医。日常可通过横向切分苹果或使用去核器避免误食，苹果果肉中的膳食纤维和果胶等营养成分已能满足健康需求。
