大量食用蕨菜可能增加致癌风险，并引发消化系统不适。蕨菜含有原蕨苷等潜在有害物质，长期过量摄入可能对健康。
蕨菜中的原蕨苷在动物实验中显示可能增加消化道肿瘤的发生概率。该物质在高温烹饪下可部分分解，但完全消除较难。新鲜蕨菜需经过充分焯水处理，未经处理的蕨菜原蕨苷含量更高。短期大量食用可能出现恶心、腹痛等胃肠刺激症状，严重时可伴随呕吐。部分人群对蕨菜中的致敏成分敏感，可能出现皮肤瘙痒或口腔黏膜肿胀等过敏反应。
蕨菜富含膳食纤维过量摄入可能干扰矿物质吸收。其中草酸成分与钙结合易形成草酸钙，长期过量食用可能影响骨骼健康。蕨菜含有的硫胺素酶可能破坏维生素B1，生食或处理不当的蕨菜可能引发维生素缺乏症状。特殊人群如孕妇、儿童及消化功能弱者更需控制摄入量。传统腌制蕨菜可能产生亚硝酸盐，增加食品安全隐患。
建议将蕨菜作为季节性食材适量食用，每周不超过200克为宜。烹饪前需用沸水焯烫3分钟以上，弃去焯煮用水。避免与高钙食物同餐大量食用，可搭配维生素C丰富的食材减少草酸吸收。出现持续腹痛或过敏症状应及时就医。慢性病患者及肿瘤高风险人群应咨询营养师后谨慎食用。
