吃生大豆可能影响身体健康，未经处理的生大豆含有天然毒素和抗营养因子，建议充分加热后食用。
生大豆中含有胰蛋白酶抑制剂和植物血球凝集素等抗营养因子，这些物质会干扰蛋白质消化吸收，可能引起恶心呕吐等胃肠不适症状。长期摄入未经处理的生大豆可能导致营养不良，影响生长发育。生大豆中的皂苷成分对消化道黏膜有刺激作用，部分人群食用后会出现腹胀腹泻等反应。加热处理能有效破坏这些有害物质，煮沸15分钟以上可使大豆中的抗营养因子活性降低。
大豆经过适当加工后营养价值显著提升。煮熟的大豆蛋白质消化率可从生大豆的65％提高到90％以上，更有利于人体吸收利用。发酵工艺制作的豆制品如豆腐、豆浆等不仅消除了抗营养因子，还产生了更多有益成分。对于消化功能较弱的儿童、老人及胃肠疾病患者，更应注意避免食用生大豆制品。
日常饮食中建议选择煮熟的豆类食品，若出现食用生大豆后的不适症状应及时就医。合理加工的大豆制品是优质蛋白的良好来源，适量食用有助于补充营养，但需注意控制每日摄入量，避免过量引起消化不良。
