吃沙棘对胃肠通常是有好处的，可以促进消化、保护胃黏膜。沙棘含有维生素C、维生素E、黄酮类化合物等成分，有助于改善胃肠功能。
沙棘果实富含有机酸和膳食纤维，能够刺激胃酸分泌，帮助分解食物，缓解食欲不振或饭后饱胀感。其天然抗氧化成分可减少胃肠黏膜的氧化损伤，对慢性胃炎患者有一定辅助修复作用。沙棘油中的不饱和脂肪酸能在胃壁形成保护层，减轻辛辣食物或酒精对胃部的刺激。沙棘中的活性物质还具有抑菌特性，可抑制幽门螺杆菌等致病菌的过度繁殖。对于功能性消化不良的人群，适量食用沙棘制品可能改善腹胀、嗳气等症状。
胃肠溃疡急性发作期应避免食用沙棘，其酸性成分可能刺激溃疡面。肠易激综合征患者过量摄入可能加重腹泻症状。沙棘与抗凝血药物同服可能影响药效，需间隔两小时以上。对沙棘过敏者会出现皮肤瘙痒、口腔肿胀等反应，应立即停用。建议初次食用者从少量开始，观察胃肠耐受情况，出现反酸或腹痛需及时调整摄入量。日常可将沙棘制成果酱、果汁或搭配蜂蜜饮用，避免空腹食用以降低刺激。
